สำนักงานคณบดี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ประกอบด้วย 13 งาน ดังนี้
- หน่วยบริการการศึกษา
- หน่วยกิจกรรมนักศึกษาและโครงการพิเศษ
- หน่วยหลักสูตรปริญญาตรี
- หน่วยบริหารการศึกษาหลักสูตรนานาชาติ
- หน่วยทรัพยากรและบริการ
- หน่วยสารสนเทศงานวิจัย
- หน่วยเทคโนโลยีสารสนเทศทางวิชาการ
- หน่วยจดหมายเหตุ และพิพิธภัณฑ์
- หน่วยประชาสัมพันธ์
- หน่วยกิจกรรมพิเศษ
- หน่วยสารบรรณ
- หน่วยการเจ้าหน้าที่
- หน่วยกายภาพและสิ่งแวดล้อม
- หน่วยต้อนรับและบริการข้อมูล
- หน่วยบริการคอมพิวเตอร์และการสื่อสาร
- หน่วยพัฒนาซอฟต์แวร์
- หน่วยโสตทัศนูปกรณ์
- หน่วยงบประมาณ
- หน่วยการเงิน
- หน่วยบัญชี
- หน่วยพัสดุ
- หน่วยจัดการเงินทุนวิจัย บริการวิชาการ และทุนการศึกษา
- หน่วยพัฒนาธุรกิจ
- หน่วยแผนและพัฒนา
- หน่วยบริการการศึกษาและธุรการ
- หน่วยเทคโนโลยีการศึกษาและอาคารสถานที่