สำนักงานคณบดี คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ประกอบด้วย 13 งาน ดังนี้

  • หน่วยบริการการศึกษา
  • หน่วยกิจกรรมนักศึกษาและโครงการพิเศษ
  • หน่วยหลักสูตรปริญญาตรี
  • หน่วยทรัพยากรห้องสมุด
  • หน่วยบริการสารสนเทศอิเล็กทรอนิกส์
  • หน่วยสารสนเทศงานวิจัย
  • หน่วยเทคโนโลยีสารสนเทศทางวิชาการ
  • หน่วยจดหมายเหตุ และพิพิธภัณฑ์
  • หน่วยประชาสัมพันธ์
  • หน่วยกิจกรรมพิเศษ
  • หน่วยศิลปกรรม
  • หน่วยนโยบายและแผน
  • หน่วยประกันคุณภาพ
  • หน่วยสารบรรณ
  • หน่วยการเจ้าหน้าที่
  • หน่วยบริหารอาคารและสิ่งแวดล้อม
  • หน่วยวินัยและนิติการ
  • หน่วยต้อนรับและบริการข้อมูล
  • หน่วยบริการคอมพิวเตอร์และการสื่อสาร
  • หน่วยพัฒนาซอฟต์แวร์
  • หน่วยโสตทัศนูปกรณ์
  • หน่วยธุรการและสวัสดิการ
  • หน่วยงบประมาณ
  • หน่วยการเงิน
  • หน่วยบัญชี
  • หน่วยพัสดุ
  • หน่วยทุนวิจัยและทุนการศึกษา
  • หน่วยพัฒนาธุรกิจ
  • หน่วยสหสาขาวิชา
  • หน่วยพัฒนาวิชาการ และฝึกอบรม
  • โครงการจัดตั้งสำนักสาขาวิชาวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมวัสดุ
  • โครงการจัดตั้งสำนักสาขาวิชาชีวนวัตกรรมที่ยั่งยืน
  • โครงการจัดตั้งสำนักสาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวการแพทย์และชีววิทยาศาสตร์
  • หน่วยบริการการศึกษาและธุรการ
  • หน่วยเทคโนโลยีการศึกษาและอาคารสถานที่
  • หน่วยบริหารการศึกษาหลักสูตรนานาชาติ