ศาสตราจารย์ ดร.สตางค์ มงคลสุข (พ.ศ. 2503-2514)
ศาสตราจารย์ ดร.กำจร มนุญปิจุ (พ.ศ. 2514-2518)
ศาสตราจารย์ ดร.สถิตย์ สิริสิงห (พ.ศ. 2518)
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.ไพโรจน์ เปรมปรีดิ์ (พ.ศ. 2519-2534)
ศาสตราจารย์ ดร. นพ.พรชัย มาตังคสมบัติ (พ.ศ. 2534-2542)
ศาสตราจารย์ ดร.อมเรศ ภูมิรัตน (พ.ศ. 2542-2546)
และวาระที่ 2 (พ.ศ. 2547-2550)
ศาสตราจารย์ ดร.ประเสริฐ โศภน (พ.ศ. 2546-2547)
ศาสตราจารย์ ดร.ศกรณ์ มงคลสุข (พ.ศ. 2550-2554)
และวาระที่ 2 (พ.ศ. 2555-2558)
รองศาสตราจารย์ ดร.สิทธิวัฒน์ เลิศศิริ (พ.ศ. 2558-2562)
รองศาสตราจารย์ ดร.พลังพล คงเสรี (พ.ศ. 2562-2566)
รองศาสตราจารย์ ดร.ประสิทธิ์ สุวรรณเลิศ (พ.ศ. 2566-ปัจจุบัน)
เอกสารอ้างอิงทางประวัติศาสตร์ ของมหาวิทยาลัยมหิดล :
- พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ พุทธศักราช 2486 (2 กุมภาพันธ์ 2486)
- พระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกรมมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2501 (21 ตุลาคม 2501)
- พระราชบัญญัติโอนมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จุฬาลงกรณมหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ และมหาวิทยาลัยศิลปากร ไปสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2502 (2 กันยายน 2502)
- พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งคณะอายุรศาสตร์เขตร้อน และคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ ในมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ พ.ศ. 2503 (5 เมษายน 2503)
- พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. 2512 (1 มีนาคม พ.ศ. 2512)
- ประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยมหิดล (18 พฤศจิกายน 2512)