คณะวิทยาศาสตร์ มีหลักสูตรระดับปริญญาโท 19 หลักสูตร และหลักสูตรปริญญาเอก 16 หลักสูตร ซึ่งทั้งหมดเป็นหลักสูตรนานาชาติ
ดูรายละเอียดของแต่ละหลักสูตรเพิ่มเติมได้ที่ เว็บไซต์ของ บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล
หรือสอบถามรายละเอียดที่ งานแพทยศาสตร์และบัณฑิตศึกษา สำนักงานคณบดี
คณะวิทยาศาสตร์ โทร. 0 2201 5837, 0 2201 5834
| หลักสูตร | ประเภท | |
| 1. | วท.ม. (กายวิภาคศาสตร์และชีววิทยาโครงสร้าง) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 2. | วท.ม. (คณิตศาสตร์ประยุกต์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 3. | วท.ม. (จุลชีววิทยาและวิทยาภูมิคุ้มกัน) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 4. | วท.ม. (เคมี) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 5. | วท.ม. (ชีวเคมี) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 6. | วท.ม. (ชีววิทยาสภาวะแวดล้อม) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 7. | วท.ม. (เทคโนโลยีชีวภาพ) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 8. | วท.ม. (พยาธิชีววิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 9. | วท.ม. (ฟิสิกส์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 10. | วท.ม. (เภสัชวิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 11. | วท.ม. (วิทยาการพืช) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 12. | วท.ม. (วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีพอลิเมอร์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 13. | วท.ม. (สรีรวิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 14. | วท.ม. (สรีรวิทยาการออกกำลังกาย) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 15. | วท.ม. (พิษวิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 16. | วท.ม. (นิติวิทยาศาสตร์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 17. | วท.ม. (วิทยาศาสตร์และวิศวกรรมวัสดุ) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 18. | วท.ม. (นวัตกรรมวิทยาศาสตร์) | (ภาคพิเศษ หลักสูตรนานาชาติ) |
| 19. | วท.ม. (ฟิสิกส์เชิงนวัตกรรม) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| หลักสูตร | ประเภท | |
| 1. | ปร.ด. (กายวิภาคศาสตร์และชีววิทยาโครงสร้าง) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 2. | ปร.ด. (คณิตศาสตร์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 3. | ปร.ด. (จุลชีววิทยาและวิทยาภูมิคุ้มกัน) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 4. | ปร.ด. (ชีวเคมี) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 5. | ปร.ด. (ชีววิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 6. | ปร.ด. (เทคโนโลยีชีวภาพ) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 7. | ปร.ด. (พยาธิชีววิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 8. | ปร.ด. (ฟิสิกส์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 9. | ปร.ด. (เคมี) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 10. | ปร.ด. (เภสัชวิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 11. | ปร.ด. (วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีพอลิเมอร์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 12. | ปร.ด. (สรีรวิทยา) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 13. | ปร.ด. (พฤกษศาสตร์) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 14. | ปร.ด. (เวชศาสตร์ระดับโมเลกุล) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 15. | ปร.ด. (วิทยาศาสตร์และวิศวกรรมวัสดุ) | (หลักสูตรนานาชาติ) |
| 16. | ปร.ด. (นวัตกรรมวิทยาศาสตร์) | (ภาคพิเศษ หลักสูตรนานาชาติ) |
| หลักสูตร | สถาบันคู่ความร่วมมือ | ประเทศ | |
| 1. | M.Sc. in Biotechnology | Osaka University | Japan |
| 2. | M.Sc. in Plant Science | Chiba University | Japan |
| 3. | Ph.D. in Biotechnology | Chiba University | Japan |
| 4. | Ph.D. in Biotechnology | Niigata University | Japan |
| 5. | Ph.D. in Materials Science | Niigata University | Japan |
| 6. | Ph.D. in Microbiology | Kaohsiung Medical University | Taiwan |
* หลักสูตร Double Degree เริ่มในปีการศึกษา 2553 ได้แก่ หลักสูตรปริญญาเอกสาขาเทคโนโลยีชีวภาพ นานาชาติ แบบ Double Degree Program ร่วมกันระหว่างมหาวิทยาลัยมหิดล และมหาวิทยาลัย Chiba ประเทศญี่ปุ่น
