จากการที่คณะวิทยาศาสตร์ เป็นส่วนงาน 1 ใน 9 ของมหาวิทยาลัยมหิดลที่เข้าร่วมโครงการนำร่องของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือ สกอ. ในโครงการต่อยอดคุณภาพการศึกษาสู่ความเป็นเลิศ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้บุคลากรของสถาบันอุดมศึกษาที่เข้าร่วมโครงการฯ ได้ตระหนักถึงความสำคัญ ของการสร้างความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับเกณฑ์ 2011-2012 : The Baldrige National Quality Program : Education Criteria for Performance Excellence (EdPEx) และจากมติที่ประชุมคณบดี ครั้งที่ 9/2555 วันที่ 23 พฤษภาคม 2555 ได้ให้ความเห็นชอบการปรับระบบคุณภาพมหาวิทยาลัยมหิดล เข้าสู่เกณฑ์ การพัฒนาคุณภาพการศึกษาสู่ความเป็นเลิศ (EdPEx) โดยคณะวิทยาศาสตร์ จะได้รับการตรวจประเมิน ส่วนงานตามเกณฑ์ (EdPEx) ประจำปี 2555 จากสำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษาในวันศุกร์ที่ 14 มิถุนายน 2556 และตรวจประเมินส่วนงานตามเกณฑ์ (EdPEx) ระยะที่ 1 ปีงบประมาณ 2556 จากคณะกรรมการเยี่ยมสำรวจของมหาวิทยาลัยมหิดล ในวันจันทร์ที่ 17 วันอังคารที่ 18 มิถุนายน 2556 ณ ห้องประชุม K102 อาคารเฉลิมพระเกียรติ
ผลการประเมิน EdPEx จากคณะกรรมการเยี่ยมสำรวจของมหาวิทยาลัยมหิดล คณะวิทยาศาสตร์ได้คะแนนด้านกระบวนการ A- และ ผลลัพธ์ B+ ถ้าคิดเลขคร่าวๆ คือช่วงคะแนน 162-205 คะแนน